Maarja Soone töötab Vanalinna Hariduskolleegiumis koorijuhi, muusikaõpetaja ning koorijuhtimise eriala õpetajana. Ta juhatab Vanalinna Muusikamaja tütarlastekoori ning laste-ja mudilaskoori. Lisaks juhendab laste ja noorte soolo- ning ansamblilaulu. Alates 2003. a algusest töötab ta koormeistrina ka Rahvusooper Estonia Poistekooris.
Maarja Soone on koorijuht-mentor, auhinnatud kooriühingu muusikatoimkonna poolt aasta nooreks dirigendiks 2007 a. ja aasta dirigent-muusikaõpetajaks 2009.a.
Oma kooridega on Soone võitnud kõrget tunnustust Eestis ning rahvusvahelistel konkurssidel ja festivalidel Euroopas ja USA-s.
Soone on olnud lastekooride dirigent X ja XI noorte laulupeol ning XXV laulupeol. Eeloleval, XXVI laulupeol on ta lastekooride üldjuht.